やっと復帰しました。
気がついた時点でファイルを修復し手元の(master) namedおよびslaveのデータは復帰したのだが、問題はISP等のnamed上のキャッシュである。大規模なお客を抱えているnamedでは、処理が破綻しないようにキャッシュの有効期限を延ばしている。問題なのは「落ちた」という情報もキャッシュされるので、立ち上げ直してもISPのnamed上では落ちたままとなる。この期間が大抵1ヶ月なので、1ヶ月後に大半のnamed上でhomev6.jpドメインがやっと復帰した。
しかしこんなミスをするとはまだまだroot修行が足りないようである。